Salah satu tujuan yang hendak dicapai oleh bangsa Indonesia sebagaimana tercantum dalam Pembukaan UUD 1945 adalah mencerdaskan kehidupan bangsa. Untuk mewujudkan tujuan tersebut sebagaimana ketentuan pasal 31 UUD 1945, Pemerintah bertanggungjawab untuk secara terencana dan terus menerus meningkatkan program pendidikan nasional yang sesuai dengan perkembangan dan tuntutan masyarakat.
Berawal dari rasa memiliki dan semangat untuk memperjuangkan pendidikan di wilayah pedesaan, maka sbagian tokoh ulama di kalangan MWC NU Kecamatan Limpung pada tahun 1985 bergerak merencanakan pendirian sebuah lembaga pendidikan. Untuk memuluskan gagasan ini maka dibentuklah badan pendiri yang terdiri atas :
| Penanggung Jawab | K.H. Sya’ir (Rois Syuriyah MWC NU Limpung) |
| Ketua | H. Mahfudz |
| Wakil Ketua | Zamahsari Sj |
| Sekretaris | Ali Sodiqin, B.A. |
| Wakil Sekretaris | Amin Syafi’i |
| Anggota | Munadjat K. Ridwan K. Kusnaini Yasin Mukhlis AS |
Selanjutnya pada tanggal 1 Juni 1985 secara resmi badan ini mendirikan Madrasah Aliyah NU Limpung, sebuah lembaga pendidikan di bawah koordinasi Lembaga Pendidikan Ma’arif NU Kecamatan Limpung Kabupaten Batang Propinsi Jawa Tengah dan berstatus TERDAFTAR pada Kantor Departemen Agama dan Piagam Nomor : Wk/5.d/153/pgm/MA/1987.
Pada perkembangannya dengan Surat Keputusan Dirjen Binbaga Islam Departemen Agama RI Nomor : 71/E.IV/PP.03.2/KEP/XII/95 MA NU Limpung berubah status menjadi DIAKUI dan pada tahun 2000 dengan SK Nomor : 71/E.IV/PP.03.2/KEP/56/2000 statusnya menjadi DISAMAKAN.
Berdasarkan hasil akreditasi madrasah yang dilakukan oleh Dewan Akreditasi Madrasah Provinsi tahun 2006 maka MANU Limpung dinyatakan sebagai madrasah TERAKREDITAS A (Sangat Baik) dengan Piagam Akreditasi Madrasah Aliyah Nomor : Kw.11.4/4/PP.03.2/625.25.03/2005
Pada tahun 2010 berdasarkan hasil akreditasi madrasah yang dilakukan oleh BAS/M maka MA NU Limpung dinyatakan sebagai madrasah TERAKREDITAS B.
Seiring perkembangan waktu dan perkembangan wilayah yaitu pemekaran kecamatan di Kabupaten Batang, berdasarkan SK Bupati Batang Nomor : 138/1120/2007 tanggal 22 Nopember 2007 tentang Pengukuhan dan Peresmian Pembentukan Kecamatan Kabupaten Batang, Kantor Pusat MANU Limpung berada di desa Banyuputih ibukota Kecamatan Banyuputih.
Melalui musyawarah yang panjang, maka terhitung sejak tanggal 1 Mei 2011 MA NU Limpung berubah menjadi MA NU 01 Banyuputih. Pada Tahun 2016 dengan Keputusan Badan Akreditasi Propinsi Nomor : 220/BAP-SM/X/2016 MA NU 01 Banyuputih dinyatakan TERAKREDITASI A dengan Nilai 90, dan merupakan madrasah dengan nilai akreditasi tertinggi di Kabupaten Batang baik negeri maupun swasta.
Sejak awal berdirinya MA NU 01 Banyuputih pada tahun 1985 hanya memiliki satu Program Peminatan yaitu IPS, karena memang rombel (rombongan belajar)nya hanya ada satu. Satu rombel dalam satu tingkatan ini berlangsung demikian lama, hingga pada Generasi Ke-14 Tahun Pelajaran 1998/1999 mulai memiliki dua rombel pada Kelas 1 (sekarang Kelas 10), dan itupun masih memiliki satu Program Studi (Jurusan) IPS. Baru mulai pada Generas Ke-17 Tahun Pelajaran 2001/2002 lahir satu jurusan baru yaitu Bahasa. Sedangkan Program Studi IPA mulai diadakan sejak Generasi Ke-19 Tahun Pelajaran 2003/2004, dan Program Studi Keagamaan mulai laksanakan pada Tahun Pelaharan 2011/2012 pada Generasi Ke-27.